Yato plus communément appelé dieu de la guerre ou des calamités vient en aide aux humains en exorcisant les ayakashi. C'est peu après être venu en aide à une jeune fille du nom de Mutsumi que le dieu fera la rencontre d'Hiyori alors qu'il était chargé de retrouver un chat appelé Monseigneur. En l'absence de shinki, Yato est incapable à ce moment précis d'accéder aux requêtes concernant les ayakashi, c'est donc pour cela qu'il effectue ces petites "missions". Son imprudence lui causera du tort puisque il traversera la route sans faire attention bien qu'il ne risque rien. C'est donc Hiyori qui se fera renverser à sa place et de ce fait, la demoiselle deviendra un semi-ayakashi ; elle est en effet prisonnière dans un espace entre la vie et la mort.

Les deux jeunes gens se rapprocheront petit à petit jusqu'à ce que Yato trouve un esprit susceptible de devenir son arme divine qui prendra alors la forme d'un jeune garçon blond aux yeux orangés du nom de Yukki mais plus fréquemment appelé Yukine par tout le monde. Ce dernier aura de nombreuses disputes houleuses avec Yato jusqu'à finir par le souiller totalement dut à toutes les tentations et pensées négatives que Yukine aura. Malgré ça, le dieu de la guerre ne cessera de soutenir et couvrir son shinki jusqu'à se retrouver dans un état critique. Le jeune garçon manquera de devenir un ayakashi mais dut à l'intervention d'Hiyori, Yukine finira par ouvrir les yeux. Yato lui dira de vivre malgré le fait que personne ne puisse le voir ou l'entendre. Le shinki s'excusera de ce qu'il a fait et reconnaîtra également ses torts.

Peu de temps après cet incident, Yato aura affaire à Rabô, un ancien partenaire du temps où il était connu comme étant un mauvais dieu. En effet, le côté sombre de Yato est révélé puisque il a tué plusieurs personnes que ce soit humains ou shinki. Nora conservera une petite pierre qui contient la mémoire d'Hiyori ; en effet, Rabô et elle pensent que c'est dut à l'influence de la demoiselle et de Yukine que Yato n'est plus le même qu'autrefois. Le dieu sauvera de justesse Hiyori qui se souviendra de lui à l'aide de son odeur, les dieux dégageant un parfum particulier. A la suite d'un combat acharné, Yato tuera celui qui a été autrefois son allié.

Ils rentreront tous chez Kofuku avant que Yato n'avoue à Hiyori que pour qu'elle redevienne totalement humaine, il doit couper le lien qui les unit. Hiyori refusera en disant qu'elle veut rester à ses côtés, il exaucera alors son souhait en échange d'une traditionnelle pièce de 5 yens.